Laboratorium voor Glycobiologie, Universiteit Gent

Universiteit Gent, België LABORATORIUM voor GLYCOBIOLOGIE

View this site in English

  Het Laboratorium voor Glycobiologie legt zich toe op enzymologie en structuur/functie studies van carbohydraat-aktieve enzymen: proteïnen die glycosidische bindingen afbreken, veranderen of aanmaken (glycoside hydrolasen, glycosyltransferasen, carbohydraat-esterasen) of die functionele domeinen bevatten (zoals bvb. carbohydraat-bindende modulen). De onderzoeksgroep kan zich betrouwen op meer dan veertig jaar aan opgedane ervaring, voornamelijk in de karakterisering en mechanistische studies van glycoside hydrolasen, een belangrijke groep van enzymen waarvan meerdere vertegenwoordigers van medisch en industrieel belang zijn. Verschillende onderzoeksdisciplines (enzymologie, in-house organische en chemo-enzymatische synthese van carbohydraatliganden en chromogene substraten, affiniteitschromatografie, analyse van 3D-structuren, molecular docking studies, enz.) worden gecombineerd met oog op het ultieme doel: het begrijpen van de details van de reactiemechanismen.
  Samenwerkingen met vele internationale laboratoria heeft geleid (en leidt nog steeds) tot pionierswerk betreffende fungale en bacteriële enzymesystemen die betrokken zijn in de degradatie van biomassa. Belangrijke inzichten werden bekomen in de gebieden van performantie en mechanismen van cellulasen and hemicellulasen (bvb. xylanasen, mannanasen, enz.) met verschillende origine. Vertegenwoordigers van deze groep enzymen worden reeds gebruikt in belangrijke biotechologisch-industriële toepassingen (pulp en papier, bij het bakproces, textiel, detergenten, dierenvoeding), en hebben een hoog potentieel voor toepassing in de productie van bio-ethanol vanuit celluloserijke bronnen of dito afval.
  Een van de onderzochte enzymesystemen in dit laboratorium is deze van de draadschimmel Trichoderma reesei (hernoemd als Hypocrea jecorina), een uitzonderlijk efficiënte aanmaker van plantenmassa-degraderende enzymen, en beschouwd als het modelorganisme waarmee andere biomassa-degraderende enzymen worden vergeleken.
  Het laboratorium is betrokken in contractueel onderzoek met industriële partners voor de studie van biomassa-degraderende enzymen, alsook van andere industrieel belangrijke fermenten. Contact:
Laboratorium voor Glycobiologie
Departement Biochemie, Fysiologie en Microbiologie
Universiteit Gent, K.L. Ledeganckstraat 35 - 6de verdieping
B-9000 Gent (België)
Tel: (+32) 9-264-5270; Fax: (+32) 9-264-5332

	Prof. Dr. Em. Marc Claeyssens studeerde Scheikunde aan de Gentse Universiteit waar hij zijn doctoraat behaalde in 1967 onder promotie van Prof. Dr. Clement De Bruyne. Na een postdoctoraal verblijf in University College London (1970) werd hij assistent, groepsleider en vervolgens professor in het Departement Biochemie (Faculteit Wetenschappen). Meerdere buitenlandse verblijven (sabbaticals) omvatten: Virginia Polytechnic Institute (1979), University of British Columbia Vancouver (1989), CERMAV-CNRS Grenoble (1991). Alhoewel Emeritus sedert october 2005 blijft hij aktief betrokken binnen zijn groep. E-mail: marc.claeyssens@ugent.be
	Dr. Kathleen Piens studeerde Organische Chemie aan de Universiteit Gent bij de groep van Prof. Dr. Pierre De Clercq waarna ze het labo van Prof. Dr. Marc Claeyssens vervoegde en waar ze in 2001 haar doctoraat behaalde. Hierop volgde een driejarig postdoctoraal verblijf bij de groep van Prof. Dr. Tuula Teeri, Department of Wood Biotechnology, Royal Institute of Technology (KTH) in Stockholm, Zweden. Haar belangrijkste interesses zijn enzymologische studies van carbohydraat-aktieve enzymen. Momenteel leidt ze het labo als Doctor-Assistent. E-mail: kathleen.piens@ugent.be
	Dr. Wim Nerinckx studeerde Synthetische Organische Scheikunde bij de groep van Prof. Dr. Maurits Vandewalle en behaalde zijn doctoraat aan de Gentse Universiteit in 1995. Sedertdien is hij wetenschappelijk medewerker bij de onderzoeksgroep van Prof. Dr. Marc Claeyssens, en synthetiseert diverse substraten en liganden voor glycoside hydrolasen, scant de active sites van dergelijke enzymen af bij middel van in silico docking experimenten, en onderzoekt gemeenschappelijke aspecten van hun reactiemechanisme. E-mail: wim.nerinckx@ugent.be (webmaster)
	Dr. Patricia Ntarima behaalde in 2000 haar doctoraat aan de Gentse Universiteit onder supervisie van Prof. Dr. Marc Claeyssens, en is een ervaren-secure aktiviteitmeetster van glycoside hydrolasen. E-mail: patricia.ntarima@ugent.be
	Linda De Keyster is onze handige technisch assistente. E-mail: linda.dekeyster@ugent.be
	Dr. Tom Desmet studeerde Geneeskunde en Biochemie aan de Universiteit Gent, waar hij zijn doctoraat behaalde in 2005 onder supervisie van Prof. Dr. Marc Claeyssens. Zijn belangrijkste interesses zijn de specificiteit en mechanismen van glycoside hydrolasen. Tom verliet onlangs de groep en vervoegde het Laboratorium voor Industriële Microbiologie and Biokatalyse, maar blijft in nauw contact met ons onderzoek. E-mail: t.desmet@ugent.be

Een selectie van recente publicaties:
- W. Nerinckx, T. Desmet en M. Claeyssens: "Itineraries of enzymatically and non-enzymatically catalyzed substitutions at O-glycopyranosidic bonds." Arkivoc (2006) 13, 90-116. (PDF van artikel)
- C. Mulakala, W. Nerinckx en P.J. Reilly: "Docking studies on glycoside hydrolase Family 47 endoplasmatic reticulum alpha-(1,2)-mannosidase I to elucidate the pathway to the substrate transition state." Carbohydrate Research (2006) 341, 2233-2245.
- A.M. Kallas, K. Piens, S.E. Denman, H. Henriksson, J. Faldt, P. Johansson, H. Brumer en T.T. Teeri: "Enzymatic properties of native and deglycosylated hybrid aspen (Populus tremula x tremuloides) xyloglucan endotransglycosylase 16A expressed in Pichia pastoris." Biochemical Journal (2005) 390, 105-113.
- W. Nerinckx, T. Desmet, K. Piens en M. Claeyssens: "An elaboration on the syn-anti proton donor concept of glycoside hydrolases: electrostatic stabilisation of the transition state as a general strategy." FEBS Letters (2005) 579(2), 302-312.
- W. Nerinckx, T. Desmet en M. Claeyssens: "On the mechanism of glycoside hydrolysis by the family GH-90 phage P22 tailspike protein." Internet Electronic Journal of Molecular Design (2005) 4, 82-93.
- I. Stals, K. Sandra, S. Geysens, R. Contreras, J. Van Beeumen en M. Claeyssens: "Factors influencing glycosylation of Trichoderma reesei cellulases. I: Postsecretorial changes of the O- and N-glycosylation pattern of Cel7A." Glycobiology (2004) 14(8), 713-724.
- I. Stals, K. Sandra, B. Devreese, J. Van Beeumen en M. Claeyssens: "Factors influencing glycosylation of Trichoderma reesei cellulases. II: N-glycosylation of Cel7A core protein isolated from different strains." Glycobiology (2004) 14(8), 725-737.
- W. Nerinckx, T. Desmet en M. Claeyssens: "A hydrophobic platform as a mechanistically relevant transition state stabilising factor appears to be present in the active centre of all glycoside hydrolases." FEBS Letters (2003) 538(1-3), 1-7.
- T. Desmet, W. Nerinckx, I. Stals, N. Callewaert, R. Contreras en M. Claeyssens, "Novel tools for the study of class I alpha-mannosidases: a chromogenic substrate and a substrate-analog inhibitor." Analytical Biochemistry (2002) 307(2), 361-367.
- P. Ntarima, W. Nerinckx, K. Klarskov, B. Devreese, M.K. Bhat, J. Van Beeumen en M. Claeyssens: "Epoxyalkyl glycosides of D-xylose and xylo-oligosaccharides are active-site markers of xylanases from glycoside hydrolase family 11, not from family 10." Biochemical Journal. (2000) 347, 865-873.

Laatste update: september 2006.

Free Counters